Die Blüten besitzen keine Blütenhülle oder Deckblätter und sind in zwei Reihen auf je einer Seite einer flachgedrückten Ährenachse (der Spadix) angeordnet und zur Blütezeit in eine Blütenscheide, (der Spatha), eingeschlossen. Wahrscheinlich enthält jede Blüte sowohl ein Staub- als auch ein Fruchtblatt. Die Bestäubung erfolgt über das Wasser mit Fadenpollen. Seegräser bilden kleine Nussfrüchte aus, die zylindrisch geformt sind und einen zweispaltigen Griffel an der Spitze aufweisen.
Getrocknetes Seegras fand früher Verwendung als Polstermaterial für Matratzen und als Verpackungsmaterial. Es kann sogar begrenzt als Dünger eingesetzt werden. Heute wird es verstärkt wieder als ökologischer Dämmstoff eingesetzt.